Les productions de sondes en cours ou prévues portent sur les organismes suivants : homme (mais la puce produite est applicable à la plupart des mammifères, cf ci-dessous), souris, rat, Staphylococcus aureus, Pseudomonas aeruginosa, drosophile, tomate, Arabidopsis thaliana, Medicago truncatula, Phytophtora parasitica, Anemonia viridis, Spodoptera frugiperda. A cela s'ajoutent des calculs de sondes effectuées sur d'autres organismes (ex. Tropheryma whipplei). Les puces mises en œuvre sur la plate-forme sont de type lames de verre, et sont analysées par hybridation différentielle de deux échantillons marqués avec des sondes fluorescentes distinctes. Alternativement, l'un des deux échantillons peut être remplacé par une solution d'ARN de référence, qui sert de contrôle unique au travers d'une grande série de quantifications. La plate-forme utilise trois types de sondes distinctes :

Sondes PCR pan-mammifères :
La plate-forme a développé une puce « mammifère » originale disposant actuellement de ~7000 sondes (dont ~5000 validées par séquençage et ~2000 en cours de synthèse). Les sondes correspondent à des sondes humaines présentant une identité supérieure ou égale à 80% avec l'orthologue murin, ce qui permet de fait des études comparatives à grande échelle de plusieurs espèces avec un outil cohérent. La mise en place de méthodes de fabrication propriétaires permet l'amplification des sondes sans nécessiter la construction de banques EST ou pleine taille, les productions se faisant à partir de mélanges complexes d'ARN rétro-transcrits. L'optimisation des méthodes par la plate-forme permet une amplification de 85% des séquences sélectionnées, et la production de 3 à 5 µg d'ARN par série de production. La même méthode de fabrication est utilisable pour la production d'autres puces, comme les puces « promoteurs ». La production d'amplicons PCR, leur purification et le contrôle qualité (taille et quantification) sont annotés dans la base MedLab (voir ci-dessous).

Sondes PCR classiques : Parallèlement, les puces Spodoptera frugiperda (1500 sondes distinctes), tomate (4000 sondes), anémone de mer (1500 sondes), et Phytophtora parasitica (6000 sondes) ainsi que les puces "thématiques" drosophile, Arabidopsis thaliana et Medicago truncatula (±500-800 sondes chacune) sont fabriquées par amplifications de sondes à partir de collections d'EST en utilisant des amorces universelles flanquantes. La production d'amplicons PCR, leur purification et le contrôle qualité (taille et quantification) sont annotés dans la base MedLab (Accès aux sondes cDNA).

Sondes oligonucléotides : Dans le cadre de sa participation à la mise en place d'une ressource nationale en sondes oligonucléotidiques (longueur~50 bases), la plate-forme a mis en place les méthodes pour produire et analyser des puces oligos longs. La collection propre de la plate-forme se limite actuellement à ~500 sondes humaines, dérivées de la future collection nationale pan-génomique. Les résultats obtenus par la plate-forme lors du test national CIT lui permettra d'accéder à la ressource nationale, et d'imprimer des puces pan-génomiques homme et souris (~20000 sondes distinctes pour chaque espèce).