Plateforme transcriptome de NICE - Sophia-Antipolis


Le spotter est un robot permettant de déposer sur des lames de verre des micro-gouttes d'ADN, grâce à des pointes ou pins (cf. photos ci-dessus). On obtient alors les puces à ADN.
Le scanner permet de scanner les lames hybridées et ainsi d'obtenir les images des lames représentant la fluorescence des différents spots. Le logiciel associé au scanner permet également la sauvegarde et la quantification des données.
Bioanalyser : Ce robot est utilisé pour quantifier et contrôler la qualité des ARNs après purification ou avant marquage.
Le Nanodrop est un spectrophotomètre UV/VIS capable d'analyser des petits volumes d'échantillons (1 à 2 µl) et de très faible concentration (voir ci-dessus). Il est utilisé pour mesurer notamment des concentrations d'acides nucléiques, ou encore la densité de marqueurs fluorescents…
Four à hybridation : Ce four est utilisé pour l'hybridation des puces à ADN.
Le serveur informatique est un ordinateur sous système d'exploitation Linux RedHat ES3. Il s'agit d'un bi-processeur Intel Xeon 3.2 Gh avec 8 Go de RAM et 2 To de disques dur composés de 8 disques montés en RAID7. Les disques systèmes sont 2 disques de 73 Go montés en RAID1. Le serveur informatique stocke l'ensemble des bases de données et des interfaces disponibles pour la gestion des informations relatives à la production et aux hybridations des lames de la plateforme.
Station de travail Affymetrix