1. Commandes des puces à ADN de la plateforme
L'ensemble des puces à ADN produites sur la plateforme peuvent être commandées
via le site internet
Mediante.
Pour vous aidez dans votre démarche, vous pouvez télécharger la
procedure de commande.
Un site dédié à la puce microRNA est accessible ici :
accès au site microRNA.
2. Caractéristiques techniques des puces
La puce pangénomique humaine25k
Espèce : Homo Sapiens
Contenu : 25484 sondes distinctes
Sondes : oligonucléotides de 50 à 52 bases. Modification des NH2 en 5' pour chaque sonde.
Nombre d'oligonucléotides par transcrit : 1 à 2
Nombre de dépôts : 1 par oligonucléotide
Support : lame hydrogel (Schott)
La puce pangénomique murine24k
Espèce : Mus Musculus
Contenu : 24611 sondes distinctes
Sondes : oligonucléotides de 50 à 52 bases. Modification des NH2 en 5' pour chaque sonde.
Nombre d'oligonucléotides par transcrit : 1 à 2
Nombre de dépôts : 1 par oligonucléotide
Support : lame hydrogel (Schott)
Espèce : all
Contenu : 2054 sondes distinctes
Sondes : oligonucléotides de 14 à 29 bases.
Nombre de dépôts : 4 par sondes
Support : lame hydrogel (Schott)
Les puces à façons
Pour ces puces, l'espèce, le contenu, le type de sondes,
le nombre de cibles et de dépôts sont définis par le demandeur.
Il peut fournir les plaques contenant l'ADN à spotter ainsi
que les lames support de ces puces, mais ces produits peuvent
être fournis si nécessaire par la plate-forme. Afin de mettre
en place un cahier des charges, il est nécessaire de joindre le
directeur de la plateforme.
3. Technologie des biopuces
3.1 Design des puces
Toutes les informations concernant les séquences et le design des oligonucléotides de
chacune des puces, avec les annotations les plus récentes issues des bases de données
publiques, se trouvent sur le site Mediante disponible en
accès libre. Une description de ses fonctionnalités est disponible dans
Le Brigand and Barbry (Bioinformatics,2007).
3.2 Origine des oligonucléotides
Les oligonucléotides avec une modification 5'-NH2 ont été produits par la
société Sigma Proligo qui a contrôlé leur masse moléculaire par
spectrométrie de masse MALDI-TOF (Matrix Assisted Laser Desorption /Ionization- Time Of Flight).
3.3 Fabrication des puces
Un robot spotteur (Chipwriter, BIO-RAD) équipé de 48 pointes fendues (Telechem SMP3)
est utilisé pour le dépôt sérié des oligonucléotides ou des ADNc sur lames de verre.
Le support utilisé correspond à des lames de verre de format 75X25mm.
Ces lames possèdent un code-barre permettant :
Une identification unique de chaque lame
Une orientation de la lame (point de repère)
Par convention, la cartographie et la liste des gènes sont établies en considérant
le code-barre positionné en bas de la lame.
4. Contrôle qualité
Le contrôle qualité du spotting est réalisé sur une ou deux lames de chaque fabrication.
L'allure des spots et le décompte du nombre de spots manquants sont évalués par hybridation
d'une lame avec un agent intercalant (lame 1).
En ce qui concerne les puces pangénomiques humaines et murines,
un contrôle supplémentaire est effectué en hybridant des ARN universels
humain et murin afin de déterminer le nombre de spots fantômes (spot tampon dont l'intensité est forte).
Le lot de lames sera accepté s'il repond a ces critères :
SPOTS MANQUANTS < 5%
SPOTS FANTOMES < 5%
5. Consignes d'utilisation
- Stockage : Les lames doivent être stockées à -20°C dans leur emballage d'origine.
Dans ces conditions de stockage, les lames sont garanties 6 mois (voir la date de péremption sur la boîte contenant les lames).
Avant utilisation, décongeler les lames sous vide pendant 20 minutes environ.
- Utilisation : Les protocoles d'hybridation sont disponibles sur le site Mediante.
Il est important de noter que du fait de sa mise à jour régulière, seule la version en ligne
de ces protocoles garantit une utilisation correcte des lames.
Une version imprimée obsolète ne serait pas considérée en cas de problème.
Le fichier *.GAL (plan de la puce selon la terminologie Axon) correspondant aux lames à hybrider
est téléchargeable sur le site Mediante.
Pour le récupérer, aller dans l'onglet " microarrays " puis dans la commande courante
(à chaque lame correspond un fichier .gal).
Il est également possible de stocker les données (fichier(s) image .tif ; fichier de résultats
.gpr et .gps sur la base de données Mediante.
Ceci permet d'accéder à un certain nombre de fonctionnalités :
archivage des données avec accès sécurisé
formatage pour soumission à GEO (Gene Expression Omnibus, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)
formatage des données pour l'analyse des résultats sous Bioconductor (http://www.bioconductor.org).