Dérnières actualités liées à l'activité de la plate-forme :
12-09-2011:
Upgrade version 5500XL SOLiD, Life Technologies
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20-03-2011:
Un soutien sur 5 ans dans le cadre du projet « France Génomique »
Le projet InDiGen (Infrastructure Distribuée de Génomique) coordonné par Pascal Barbry (Directeur de l’IPMC, Sophia Antipolis) et Denis Milan (INRA, Toulouse)
vient d’être sélectionné dans le cadre de l'appel "Infrastructures Nationales de recherche en biologie et santé" du Grand Emprunt . Ce projet, très bien évalué
par les experts internationaux, regroupe 7 plates-formes de génomique fonctionnelle localisée sur l’ensemble du territoire français
(Sophia Antipolis, Toulouse, Montpellier, Strasbourg, Marseille, et Paris -Institut Pasteur et Montagne Sainte Geneviève). InDiGen vise à faciliter l’accès des laboratoires de recherche en biologie aux approches de séquençage à haut débit des acides nucléiques.
Pour y parvenir, le Commissariat au Grand Emprunt a demandé que ce projet soit regroupé avec les projets déposés par les Centres Nationaux de Séquençage et de Génotypage, localisés à Evry, et la communauté bioinformatique française (projet ReNaBi).
Les développements correspondant revêtent une dimension stratégique importante, et le CGE prévoit d’accorder un financement de 60 M € au projet émergeant de ce regroupement.
Ce projet sera piloté par le Commissariat à l’Energie Atomique, tutelle du CNS et du CNG, ainsi que par le CNRS, l’INRA et l’INSERM. |
19-11-2010:
MiRonTop: mining microRNAs targets across large scale gene expression studies
Le Brigand K, Robbe-Sermesant K, Mari B, Barbry P. Bioinformatics. 2010 Oct 19. PubMed PMID: 20959382
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12-09-2010:
Upgrade version 4 SOLiD, Life Technologies
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Présentation de la plate-forme de génomique fonctionnelle de Nice-Sophia-Antipolis
La plate-forme de génomique fonctionnelle certifiée ISO9001 v2008 donne accès
aux biologistes aux technologies de séquençage à haut débit (HTS) et de
puces à ADN.
L’équipe de recherche de Physiologie Génomique des Eucaryotes de l'IPMC (CNRS/UNS)
associée à la plateforme réalise les développements technologiques et
bioinformatiques de la plate-forme de génomique fonctionnelle de Sophia-Antipolis.
Ces développements concernent principalement le séquençage haut débit (HTS),
et sont réalisés dans le cadre d’un réseau national
NGS-IBIsA
(Next Generation Sequencing) regroupant les plates-formes HTS françaises.
Le laboratoire est notamment coordinateur du projet InDiGen
(Infrastructure Distribuée de Génomique), déposé dans le cadre du Grand Emprunt,
et visant à rendre accessible l’expertise du secteur académique français à l'analyse
de ce nouveau type de données.
Historiquement, la plate-forme a été créée en 1999 par le Dr. Pascal Barbry grâce au soutien
de la Canceropôle PACA, du Réseau National des
Génopoles (RNG) et de la Réunion Inter Organismes (RIO) qui regroupait le
CEA, le CNRS, l'INRA et l'INSERM. La conception et la fabrication de
puces à ADN ont permis de donner accès aux puces à ADN à la communauté académique
dès le début de l’essor de cette technologie (plus de 15000 lames distribuées).
Outils bio-informatiques de la plate-forme
Mediante: Microarray and High Throughput Sequencing data manager.
MiRonTop: Mining microRNAs targets across large scale gene expression study.
Sylamer: Fast assessment of microRNA binding and siRNA off-target effects from expression data,
Stijn van Dongenet al., Nature Methods (2008).
GetDNASeq: Extract DNA genomic sequence from chromosomal positions and build selection.
WikiSeq: A wiki dedicated to High Throughput Sequencing at IPMC.
